在司令部模式中，玩家們在每回合互相競爭需要佔領的「目標區域」和在各陣營的出擊區域附近的「核心」。
每一回合會分為爭奪目標區域的【區域佔領階段】和攻擊／防守核心的【核心攻擊階段／核心防守階段】。

區域佔領階段

在區域佔領階段中，玩家的目標是佔領地圖上的目標區域。
本規則只存在一個目標區域，目的是為了使雙方陣營要來競爭佔領相同的區域。

進入目標區域內，並使佔領值達到最大值，便可佔領目標區域。
佔領中的狀態會維持一段時間，若控制率到達100%時則可佔領目標區域，並轉移至核心攻擊／防守階段。

在區域佔領階段中，成功佔領目標區域的陣營可獲得1分。

核心攻擊階段／核心防守階段

在核心攻擊階段／核心防守階段中，雙方陣營的目標則會有所不同。
已佔領目標區域的陣營將以破壞敵方陣營的核心為目標，而未能佔領區域的陣營則會以防守核心為目標。

破壞核心

以破壞核心為目標的陣營，將透過攻擊核心來減少核心的耐久值。
核心的耐久值到達50%時會在一段時間內進入無敵狀態，此狀態下將無法對其造成傷害。
經過一段時間後後核心的無敵狀態便會解除，再次對其進行攻擊到耐久值變成0%時，即可破壞核心。

在核心攻擊階段中，攻擊核心的耐久值到50%時可獲得1分，而在核心經過無敵狀態後破壞核心可再獲得1分。

防守核心

以防守核心為目標的陣營，則是要在時間內防止敵方玩家攻擊在我方陣營的出擊區域附近的核心。

在核心防守階段中，若回合結束時我方陣營的核心耐久值剩餘51%以上，則可獲得1分。

EXTRA TIME

在各階段的限制時間結束時，若滿足一定的條件就會進入「EXTRA TIME」，該回合繼續。

勝利條件

在最終的第3回合，先獲得3分的陣營將獲得勝利。
在任一陣營獲得3分時回合就會結束，並確定勝負。

若在第3回合時，雙方陣營都未取得3分的情況下，在第3回合的核心攻擊階段／核心防守階段結束時，將由得分較多的陣營獲得勝利。

平手

在第3回合的核心攻擊階段／核心防守階段結束時，若雙方陣營得分相同，則為平手。

※本規則並無延長戰。